A Atlântica tem vindo a celebrar protocolos de cooperação com entidades públicas e privadas, com vista ao intercâmbio de professores e alunos, à disponibilização de bolsas de estudo e de estágios, à estruturação de pós-graduações, à organização de seminários, à cooperação em projectos de investigação, à prestação de serviços, à formação de professores, de jovens e de profissionais, à utilização de equipamentos e instalações, ao desenvolvimento de equipamento e software informático, ao apoio financeiro no pagamento das propinas dos alunos e outras regalias.